宝宝发烧39度时，可采取以下方法处理：
1.服用退烧药：宝宝发烧39度属于高烧，需要及时服用退烧药，如布洛芬或对乙酰氨基酚等，按照药品说明书的剂量和使用方法服用。
2.物理降温：除了服用退烧药外，还可以采用物理降温的方法，如温水擦浴、贴退热贴等。用温水擦拭宝宝的颈部、腋窝、肘窝、腹股沟等部位，帮助散热。
3.多喝水：发烧会导致宝宝体内水分流失，多喝水可以补充水分，防止脱水。同时，多喝水也有助于降低体温。
4.保持室内通风：保持室内空气流通，温度适宜，可以让宝宝感到舒适。
5.观察宝宝的情况：密切观察宝宝的体温、精神状态、呼吸等情况，如果宝宝出现高热惊厥、呼吸急促、精神萎靡等异常情况，需要及时就医。
6.就医：如果宝宝发烧持续时间较长或体温较高，或者出现其他异常情况，建议及时就医，以便明确病因，进行针对性治疗。
需要注意的是，以上方法仅供参考，如果宝宝发烧39度，建议及时就医，在医生的指导下进行治疗。同时，在就医过程中，要注意做好宝宝的防护措施，避免交叉感染。