咽炎咳嗽有痰时，可以选择以下药物进行治疗：
1.祛痰药：可以稀释痰液，促进痰液咳出，如氨溴索、溴己新等。
2.止咳药：如果咳嗽严重，可以使用止咳药，如右美沙芬、喷托维林等。但需要注意，咳嗽是身体的一种自我保护机制，有助于清除呼吸道内的痰液和异物，因此咳嗽症状缓解后，应及时停药。
3.抗生素：如果咽炎是由细菌感染引起的，需要使用抗生素进行治疗，如阿莫西林、头孢呋辛等。但需要注意，抗生素不能滥用，应在医生的指导下使用。
4.中药：一些中药也具有清热解毒、利咽止咳的作用，如双黄连口服液、银翘解毒片等。但需要注意，中药的使用也需要在医生的指导下进行。
此外，在使用药物治疗的同时，还应注意以下几点：
1.多喝水，保持呼吸道湿润。
2.避免吸烟和吸入有害气体。
3.注意休息，避免过度劳累。
4.保持口腔清洁，勤漱口。
需要注意的是，以上药物的使用应在医生的指导下进行，根据个人情况选择合适的药物和剂量。同时，如果症状持续不缓解或加重，应及时就医，以免延误病情。