早上起来两个肾疼的厉害，可能与以下原因有关：
1.过度劳累：如果前一天进行了剧烈运动或过度劳累，可能会导致腰部肌肉劳损，引起肾区疼痛。
2.泌尿系统结石：如肾结石、输尿管结石等，可引起肾区疼痛，疼痛常较为剧烈，可伴有血尿、恶心、呕吐等症状。
3.感染：如肾盂肾炎、肾脓肿等，可导致肾区疼痛，还可能伴有发热、尿频、尿急、尿痛等症状。
4.腰椎疾病：如腰椎间盘突出症、腰肌劳损等，疼痛可放射至肾区，引起肾区疼痛。
5.其他：如肾肿瘤、肾积水等，也可导致肾区疼痛。
如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，建议及时就医，进行相关检查，如尿常规、血常规、超声等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。在就医前，应注意休息，避免剧烈运动，避免长时间弯腰或久坐，可适当热敷腰部，缓解疼痛。同时，应注意保暖，避免腰部受凉。