巧克力囊肿的症状主要包括以下几个方面：
1.痛经：痛经是巧克力囊肿最常见的症状之一，多为继发性，即自发生内膜异位开始，患者诉说以往月经来潮时并无疼痛，而从某一个时期开始出现痛经。可发生在月经前、月经时及月经后。
2.性交痛：性交痛也是巧克力囊肿的症状之一，这是因为巧克力囊肿会导致盆腔粘连，使子宫后倾固定，宫颈口粘连等，从而导致性交疼痛。
3.月经异常：巧克力囊肿可能会导致月经异常，如月经周期缩短、经量增多、经期延长等。
4.不孕：巧克力囊肿可能会导致不孕，这是因为巧克力囊肿会影响卵巢功能，导致排卵障碍。
5.其他症状：巧克力囊肿还可能会导致其他症状，如性交不适、下腹坠胀、腰痛等。
需要注意的是，巧克力囊肿的症状并不具有特异性，其他疾病也可能出现类似症状。因此，如果出现上述症状，应及时就医，进行相关检查，以明确诊断。