治疗肝内胆管结石最好的方法主要包括以下几种：
1.手术治疗：
胆管切开取石术：是传统的手术方法，通过手术切开胆管，取出结石。
胆道镜取石术：在手术中使用胆道镜，通过胆道镜将结石取出。
肝部分切除术：对于肝内胆管结石合并肝实质病变的患者，可能需要进行肝部分切除术。
2.内镜治疗：
经内镜逆行胰胆管造影术（ERCP）：通过十二指肠镜逆行插入胆管，取出结石。
内镜下括约肌切开术（EST）：用于扩张胆总管括约肌，便于取石。
3.中西医结合治疗：
中药治疗：服用一些具有利胆排石作用的中药，如金钱草、鸡内金等。
针灸治疗：通过针灸刺激穴位，促进胆汁分泌，缓解症状。
4.其他治疗方法：
体外冲击波碎石：对于较小的结石，可以采用体外冲击波碎石的方法将其击碎。
保肝治疗：对于合并肝功能损害的患者，需要进行保肝治疗。
需要注意的是，治疗肝内胆管结石的方法应根据患者的具体情况选择，包括结石的大小、位置、数量、肝功能等因素。在治疗过程中，患者需要积极配合医生的治疗，注意饮食调理，避免食用油腻、辛辣等刺激性食物，定期复查，以确保治疗效果。