月经最后两天出现褐色分泌物可能是以下原因导致的：
1.正常现象：月经快结束时，出血量较少，经血在阴道内停留时间较长，与阴道内的酸性分泌物发生反应，就会出现褐色分泌物，这是正常的生理现象，一般无需特殊处理。
2.黄体功能不足：如果黄体功能不全，孕激素分泌不足，会导致子宫内膜脱落不完全，出现月经淋漓不尽，月经后期出现褐色分泌物。
3.子宫内膜炎：子宫内膜炎会导致子宫内膜充血、水肿，月经期间会出现月经量增多、经期延长、月经颜色异常等症状。
4.宫内节育环：宫内节育环可能会刺激子宫内膜，导致月经异常，出现月经淋漓不尽、褐色分泌物等症状。
5.其他：妇科疾病如子宫肌瘤、子宫内膜息肉、宫颈癌等也可能导致月经异常。
如果褐色分泌物持续时间较长或伴有其他不适症状，建议及时就医，进行相关检查，如B超、性激素六项等，以明确病因，并进行针对性治疗。同时，在月经期间应注意个人卫生，保持外阴清洁，避免性生活和盆浴，注意保暖，避免劳累和剧烈运动。