经期后两天有褐色分泌物和月经时间长的原因及建议如下：
1.黄体萎缩不全：黄体萎缩不全可能导致子宫内膜不规则脱落，从而使月经周期延长，月经后期出现淋漓不净的褐色分泌物。通常还会伴有基础体温呈双向型。这种情况可在月经后半周期补充孕激素进行治疗。
2.子宫内膜息肉：子宫内膜息肉是一种良性病变，可能导致月经间期出血、经量增多、经期延长等症状。B超检查或宫腔镜检查有助于诊断。对于有症状的息肉，通常建议进行宫腔镜下息肉切除术。
3.子宫内膜炎：子宫内膜炎可导致子宫内膜充血、水肿，从而引起月经异常和分泌物异常。还可能伴有下腹疼痛、发热等症状。治疗主要是使用抗生素，如甲硝唑、左氧氟沙星等。
4.其他：子宫肌瘤、子宫腺肌病、宫内节育器等也可能引起类似症状。
如果出现经期后两天有褐色分泌物和月经时间长的情况，建议及时就医，进行相关检查，如B超、性激素六项等，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意个人卫生，保持外阴清洁，避免过度劳累和剧烈运动，避免食用辛辣、刺激性食物。