早晨起床后，出现嗓子疼、眼睛难受和脑袋疼的原因可能是：
1.感染：上呼吸道感染、扁桃体炎等感染性疾病可导致嗓子疼，同时可能伴有流涕、咳嗽等症状。眼睛难受可能是感染引起的结膜炎或角膜炎，还可能出现眼红、流泪等症状。脑袋疼则可能是感染引起的全身症状之一。
2.过敏：对空气中的花粉、尘螨、动物毛发等过敏，可导致嗓子疼、眼睛痒、流眼泪等症状，同时可能伴有皮肤瘙痒、打喷嚏等症状。脑袋疼也可能是过敏引起的。
3.干燥：睡眠时空气干燥，可导致嗓子疼、眼睛干、口渴等症状。
4.睡眠不足：睡眠不足或睡眠质量差，可导致脑袋疼，同时可能伴有眼睛疲劳、干涩等症状。
5.其他：长期用嗓过度、过度吸烟饮酒、饮食不当等也可能导致嗓子疼；用眼过度、屈光不正、青光眼等可能导致眼睛难受；颈椎病、高血压等也可能导致脑袋疼。
如果症状持续不缓解或加重，建议及时就医，明确病因，并进行相应的治疗。同时，注意休息，保持充足的睡眠，多喝水，多吃新鲜的蔬菜和水果，避免吸烟饮酒，避免过度用嗓和用眼，保持室内空气湿润，有助于缓解症状。