早晨醒来眼睛疼，过一会就好了，可能与以下原因有关。
1.用眼过度：长时间使用电子设备、阅读、写作等，可导致眼睛疲劳和疼痛。此外，睡眠不足、熬夜、过度使用眼睛等也可能引发这种症状。
2.眼部感染：如结膜炎、角膜炎等，可引起眼睛红肿、疼痛、分泌物增多等症状。感染通常会逐渐加重，如果不及时治疗，可能会影响视力。
3.干眼症：由于泪液分泌不足或质量下降，导致眼睛表面干燥，引起疼痛、异物感、视力模糊等症状。长时间使用空调、佩戴隐形眼镜等因素可能导致干眼症。
4.过敏：眼部过敏可引起眼红、眼痒、流泪等症状。过敏原包括花粉、尘螨、动物毛发等。
5.青光眼：眼压升高可能导致青光眼，引起眼痛、头痛、恶心、呕吐等症状。这种情况需要及时就医，进行眼压测量和眼科检查。
6.其他：眼部外伤、虹膜炎、巩膜炎等也可能导致眼睛疼痛。
如果这种症状经常发生，或伴有其他症状，如视力下降、眼红、分泌物增多、头痛等，建议及时就医，进行详细的眼部检查，以确定病因并采取相应的治疗措施。同时，保持良好的用眼习惯，注意眼部卫生，避免长时间用眼，保证充足的睡眠，对预防眼部疾病也非常重要。