脸上有扁平疣，可采取以下方法治疗：
1.外用药物：外用药物可选择维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏等，这些药物可以促进扁平疣消退。
2.物理治疗：包括冷冻治疗、激光治疗、电灼治疗等，这些方法可以直接去除疣体。
3.系统治疗：对于疣体数量较多或病情较为严重的患者，可口服抗病毒药物，如利巴韦林、伐昔洛韦等，以抑制病毒复制。
4.中医治疗：中医认为扁平疣是由气血失和、腠理不密、外感风热毒邪所致，可采用中药调理、针灸等方法进行治疗。
需要注意的是，扁平疣具有传染性，可通过直接或间接接触传播，因此在治疗过程中应避免搔抓疣体，以免扩散。同时，要保持皮肤清洁，避免感染。如果扁平疣症状较为严重，建议及时就医，在医生的指导下进行治疗。