补中益气丸和附子理中丸的区别在于：
1.成分不同：补中益气丸主要成分有炙黄芪、党参、炙甘草、白术、当归、升麻、柴胡、陈皮；附子理中丸主要成分有附子（制）、党参、白术（炒）、干姜、甘草。
2.功效不同：补中益气丸具有补中益气，升阳举陷的功效；附子理中丸具有温中健脾的功效。
3.适用病症不同：补中益气丸主要用于治疗脾胃虚弱、中气下陷所致的泻痢脱肛、神疲乏力等病症；附子理中丸主要用于治疗脾胃虚寒、脘腹冷痛、呕吐泄泻等病症。
4.不良反应不同：补中益气丸的不良反应尚不明确；附子理中丸的不良反应主要有：①消化系统：如腹泻、呕吐、腹痛等；②皮肤及其附件：如瘙痒、皮疹等；③神经系统：如头晕、头痛等；④心血管系统：如心悸、胸闷等。
5.禁忌不同：补中益气丸的禁忌尚不明确；附子理中丸的禁忌主要有：①孕妇慎用；②不适用于急性肠胃炎，泄泻兼有大便不畅，肛门灼热者；③高血压、心脏病、肾病、咳喘、浮肿患者或正在接受其他药物治疗者应在医师指导下服用。
6.注意事项不同：补中益气丸的注意事项主要有：①不宜与感冒药同时服用；②高血压患者慎服；③服本药时不宜同时服用藜芦、五灵脂、皂荚或其制剂；④不宜喝茶和吃萝卜，以免影响药效。附子理中丸的注意事项主要有：①孕妇慎用；②不宜与半夏、瓜蒌、天花粉、贝母、白蔹、白及同用；③本品中有附子，服药后如有血压增高、头痛、心悸等症状，应立即停药，去医院就诊。