怀孕39周肚子隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.假性宫缩：怀孕39周时，子宫会出现假性宫缩，这是一种正常的生理现象。假性宫缩通常没有规律，持续时间较短，间隔时间较长，可能会伴有腹部坠胀感，但不会导致宫颈口扩张。如果假性宫缩不频繁，不需要特殊处理，注意休息即可。如果假性宫缩频繁，或者伴有阴道流血、破水等症状，需要及时就医。
2.胎儿入盆：怀孕39周时，胎儿可能会入盆，这也可能导致腹部隐隐作痛。胎儿入盆是指胎儿的头部进入骨盆，这是分娩的前奏之一。胎儿入盆后，孕妇可能会感到腹部坠胀、尿频、便秘等症状。
3.临产：如果肚子隐隐作痛的同时，还伴有腹部发紧、发硬、见红、破水等症状，可能是临产的征兆。此时，孕妇需要立即就医，准备分娩。
需要注意的是，怀孕39周时，孕妇需要密切关注胎动情况，如果胎动异常，也需要及时就医。此外，孕妇还需要注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，保持心情愉悦，做好分娩的准备。如果肚子隐隐作痛的症状持续不缓解或者加重，需要及时就医，以确保孕妇和胎儿的安全。