脑干受损的最佳治疗时间主要取决于损伤的原因和严重程度，一般来说，治疗应尽可能在损伤后的早期进行，以下是一些常见情况：
1.急性脑干梗死：如果是由于脑干梗死引起的损伤，治疗的关键是尽快恢复血流，减少脑损伤。在发病4.5小时内，如果符合溶栓条件，可以使用rt-PA等溶栓药物进行溶栓治疗；如果错过了溶栓时间窗，可以采用抗血小板聚集、抗凝、神经保护等治疗方法。此外，还需要进行对症支持治疗，如控制血压、血糖、维持水电解质平衡等。
2.急性脑干出血：如果是由于脑干出血引起的损伤，治疗的重点是控制血压、防止再出血，以及减轻脑水肿、降低颅内压等。如果出血量较小，可以采用内科保守治疗；如果出血量较大，可能需要手术治疗。
3.脑干外伤：如果是由于脑干外伤引起的损伤，治疗的关键是及时处理合并的颅脑损伤，并根据损伤的具体情况进行手术或保守治疗。此外，还需要进行对症支持治疗，如抗感染、营养支持等。
4.脑干肿瘤：如果是由于脑干肿瘤引起的损伤，治疗方法主要包括手术切除、放疗、化疗等。治疗的时机和方案需要根据肿瘤的类型、大小、位置等因素综合考虑。
需要注意的是，脑干是人体的生命中枢，脑干受损的治疗需要在专业医生的指导下进行，根据患者的具体情况制定个性化的治疗方案。此外，早期治疗对于改善预后非常重要，因此，如果怀疑有脑干受损，应尽快就医，以便及时进行治疗。