卵巢囊肿是一种常见的妇科疾病，治疗卵巢囊肿的药物主要有以下几类：
1.活血化瘀类药物：
桂枝茯苓丸：具有活血、化瘀、消癥的功效，可用于治疗妇人宿有癥块，或血瘀经闭，行经腹痛，产后恶露不尽等。
大黄蛰虫丸：具有活血破瘀，通经消癥的功效，用于瘀血内停所致的癥瘕、闭经，症见腹部肿块、肌肤甲错、面色黯黑、潮热羸瘦、经闭不行。
2.软坚散结类药物：
小金丸：具有散结消肿，化瘀止痛的功效，用于痰气凝滞所致的瘰疬、瘿瘤、乳岩、乳癖，症见肌肤或肌肤下肿块一处或数处，推之能动，或骨及骨关节肿大、皮色不变、肿硬作痛。
鳖甲煎丸：具有活血化瘀、软坚散结的功效，用于治疗肝脾肿大、肝硬化、子宫肌瘤、卵巢囊肿等。
3.调节内分泌类药物：
炔雌醇环丙孕酮片：为口服避孕药，也可用于治疗妇女雄激素依赖性疾病，如痤疮、妇女雄激素性脱发、轻型多毛症以及多囊卵巢综合征患者的高雄激素症状。
地屈孕酮片：可用于治疗内源性孕酮不足引起的疾病，如痛经、子宫内膜异位症、继发性闭经、月经周期不规则、功能失调性子宫出血、经前期综合征、孕激素缺乏所致先兆性流产或习惯性流产、黄体不足所致不孕症。
需要注意的是，以上药物均需在医生的指导下使用，切勿自行用药。同时，在使用药物治疗的同时，还应注意饮食、生活习惯等方面的调整，以提高治疗效果。