引起婴儿肉毒中毒综合征的原因如下：
1.婴儿自身原因：婴儿的肠道微生态环境还未完全建立，肉毒梭状芽孢杆菌容易在肠道中繁殖并产生肉毒毒素。
2.食用被肉毒梭状芽孢杆菌污染的食物：肉毒梭状芽孢杆菌广泛存在于自然界中，容易在不卫生的环境中生长繁殖。婴儿食用了被肉毒梭状芽孢杆菌污染的食物，如蜂蜜、腌制食物等，就可能感染肉毒毒素。
3.婴儿肠道感染：婴儿肠道感染时，会破坏肠道黏膜的屏障功能，使肉毒梭状芽孢杆菌更容易进入血液，从而引发肉毒中毒综合征。
4.其他因素：婴儿长期使用抗生素、免疫功能低下等因素，也可能增加感染肉毒毒素的风险。