怀孕两个月肚子痛肛门也痛且有黄色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕两个月属于孕早期，此时胚胎发育尚不稳定，如果出现先兆流产，可能会导致肚子痛和肛门痛，同时伴有黄色分泌物。此外，还可能出现阴道流血等症状。如果症状持续或加重，建议及时就医，医生一般会建议进行保胎治疗，常用的保胎药物有黄体酮胶囊、地屈孕酮片等。
2.宫外孕：宫外孕是指受精卵在子宫体腔以外的部位着床，其中以输卵管妊娠最为常见。宫外孕时，胚胎逐渐长大，输卵管会被撑破，导致肚子痛和肛门痛，同时伴有阴道流血，血色暗红或深褐，量少呈点滴状。如果不及时治疗，可能会引起大出血，甚至危及生命。因此，一旦怀疑宫外孕，应立即就医，通过B超、血HCG等检查确诊，并及时进行治疗。
3.其他：怀孕两个月时，子宫逐渐增大，可能会牵拉子宫周围的韧带，引起肚子痛。此外，阴道炎、宫颈炎等妇科炎症也可能导致肚子痛和肛门痛，同时伴有分泌物异常。
总之，怀孕两个月肚子痛肛门也痛且有黄色分泌物，可能是正常的生理现象，也可能是异常情况引起。如果症状持续或加重，或伴有其他不适，如阴道流血、发热等，应及时就医，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，孕妇应注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持外阴清洁，勤换内裤。饮食上应注意营养均衡，避免食用辛辣、刺激性食物。