板蓝根注射液不能治疗扁平疣。扁平疣是由人乳头状瘤病毒（HPV）感染引起的，主要通过直接或间接接触传播。板蓝根注射液是一种中药注射液，主要成分是板蓝根，具有清热解毒、凉血利咽的功效，常用于治疗温热、热毒引起的发热、咽痛、扁桃体炎、咽炎等疾病。但目前并没有科学研究证明板蓝根注射液对扁平疣有治疗作用。
扁平疣的治疗方法主要包括外用药物、物理治疗和系统治疗等。外用药物包括维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏等；物理治疗包括冷冻治疗、激光治疗、电灼治疗等；系统治疗包括抗病毒药物、免疫调节剂等。在治疗扁平疣时，应根据患者的具体情况选择合适的治疗方法。
需要注意的是，扁平疣具有传染性，可通过搔抓等方式自身接种，因此应避免搔抓疣体，以免疣体扩散。同时，患者应注意个人卫生，避免与他人共用毛巾、浴巾等物品，以免传染他人。如果患者确诊为扁平疣，建议及时就医，在医生的指导下进行治疗。