良性甲腺瘤手术后疼痛可能由以下原因引起：
1.手术切口：手术后切口部位可能会出现疼痛，这是正常的术后反应。疼痛通常会在术后数天内逐渐减轻，但如果疼痛持续时间较长或加重，应及时告知医生。
2.神经损伤：手术过程中可能会损伤周围的神经，导致感觉异常或疼痛。这种情况通常会在术后数周或数月内逐渐恢复，但也可能会持续较长时间。
3.感染：手术后切口部位感染也可能导致疼痛。感染的症状包括红肿、发热、疼痛加剧等。如果出现这些症状，应及时就医，医生可能会给予抗生素治疗。
4.其他并发症：手术后可能会出现其他并发症，如出血、血肿形成等，也可能导致疼痛。如果出现这些症状，应及时就医，医生会进行相应的处理。
需要注意的是，每个人的情况都可能不同，如果手术后出现疼痛，应及时告知医生，以便进行详细的检查和诊断，并给予相应的治疗。同时，在手术后应注意休息，避免剧烈运动和提拉重物，保持切口部位清洁干燥，按照医生的要求进行护理和复查。