引起婴儿便秘的原因主要有以下几点：
1.饮食因素：
食物成分不当：大便性质和食物成分关系密切。如食物中蛋白质含量过多而碳水化合物不足，使肠发酵相对减少影响钙吸收，导致大便干燥。食物中钙多也会引起便秘，如牛奶中含钙比人奶多，因此牛乳喂养比人乳喂养发生便秘的机会多。
膳食纤维不足：因为肠蠕动弱，排空时间长，水分被肠道吸收，致使大便干燥，秘结。人工喂养儿较母乳喂养儿更容易发生便秘，这是因为牛奶中含有更多的钙和酪蛋白，而糖和淀粉含量相对减少，食入后容易引起便秘。
2.习惯因素：
没有养成定时排便的习惯，幼儿的生活没有规律，排便习惯没有养成，也易引起便秘。
运动量不足：运动量过少，可使肠蠕动减慢，食物残渣在肠道中不易排出。
3.疾病：
佝偻病：由于部分患儿晒太阳少，或长期服用维生素D不足，会引起钙吸收不良。当血钙降低时，可引起肠道平滑肌的兴奋性增加，导致便秘。
营养不良：腹肌和肠肌张力减低，蠕动无力，也容易引起便秘。
其他：肛裂、肛门周围炎症、先天性巨结肠等也可引起便秘。