夫妻同房时小肚子痛可能由以下原因引起：
1.生理性因素：
同房动作过于剧烈：可能导致腹部肌肉痉挛，从而引起疼痛。
精液过敏：少数女性可能对精液过敏，从而引起腹痛、腹泻等症状。
2.病理性因素：
盆腔炎：女性生殖系统有炎症时，如盆腔炎、子宫内膜炎等，在同房时可能会刺激炎症部位，引起疼痛。
子宫内膜异位症：子宫内膜异位到子宫以外的部位，在同房时可能会引起疼痛。
其他：子宫肌瘤、卵巢囊肿等妇科疾病也可能导致同房时小肚子痛。
其他：男性动作过于粗暴、女性阴道口狭窄等也可能导致同房时小肚子痛。
如果夫妻同房时小肚子痛持续不缓解或伴有其他症状，如白带异常、阴道出血、发热等，应及时就医，进行相关检查，如B超、白带常规等，以明确病因，并进行针对性治疗。同时，在同房时应注意动作轻柔，避免过于粗暴。如果有妇科疾病，应积极治疗，治疗期间应避免同房。