新生儿败血症最常见的并发症是化脓性脑膜炎，其次是肺炎、肺脓肿、骨髓炎、关节炎、肝脓肿、肾盂肾炎等。
化脓性脑膜炎是新生儿败血症中最严重的并发症之一，病原菌以大肠埃希菌等革兰氏阴性杆菌多见，部分患儿也可为金葡菌感染。当病原菌入侵血液循环后，在血液中生长繁殖，产生大量毒素，引起全身炎症反应。如果病原菌突破血脑屏障，进入中枢神经系统，就可能导致化脓性脑膜炎。患儿可能出现发热、吐奶、尖叫、抽搐、前囟饱满、颈项强直等症状，严重者可能出现昏迷、呼吸衰竭等。如果怀疑新生儿有化脓性脑膜炎，需要及时进行腰椎穿刺，检查脑脊液，明确诊断，并尽快使用抗生素进行治疗。
除了化脓性脑膜炎，肺炎、肺脓肿、骨髓炎、关节炎、肝脓肿、肾盂肾炎等并发症也可能在新生儿败血症中出现。这些并发症的发生与病原菌的种类、感染的部位、患儿的免疫功能等因素有关。如果患儿出现发热、咳嗽、呼吸急促、黄疸、肝脾肿大、关节红肿等症状，需要及时就医，进行相关检查和治疗。
总之，新生儿败血症是一种严重的疾病，如果不及时治疗，可能会导致多种并发症，甚至危及生命。家长需要密切观察患儿的情况，如有异常，及时就医。同时，要注意保持患儿的皮肤清洁，避免感染。