怀孕后基础体温不会下降，因此如果基础体温下降三天后又怀孕了，可能是以下原因导致的。
1.测量误差：基础体温的测量可能存在误差，比如测量时间、测量方法不正确等。此外，环境温度、情绪等因素也可能影响基础体温的测量结果。
2.其他因素：除了怀孕，一些其他因素也可能导致基础体温下降，如感冒、发热、内分泌失调等。
3.生化妊娠：生化妊娠是指精卵结合了，一般精卵结合七天以后就要分泌绒毛膜促性腺激素，再过七天以后，用早孕试纸就可以测出来，往往精卵结合了，有分泌了，但是必须结合成受精卵，受精卵还要回到子宫里着床，生化妊娠就是结合了，但是没有回到子宫里着床，或者是回来了，没有着上床，这种叫生化妊娠。
4.先兆流产：如果确定怀孕后，基础体温下降三天后又出血，可能是先兆流产的迹象。需要及时就医，进行保胎治疗。
如果基础体温下降三天后又怀孕了，建议及时就医，进行血HCG、B超等检查，以确定是否怀孕以及胚胎的发育情况。同时，要注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持良好的心情。如果出现阴道出血、腹痛等异常情况，应及时就医。