新生儿喉咙上有囊肿动手术的风险主要包括以下几个方面：
1.麻醉风险：新生儿的身体器官发育尚未完全，对麻醉药物的耐受性较低。全身麻醉可能会对新生儿的呼吸、心脏等功能产生一定影响，如呼吸抑制、低血压等。
2.手术风险：手术过程中可能会出现出血、感染等并发症。手术操作可能会对周围组织造成损伤，影响新生儿的呼吸和吞咽功能。
3.术后风险：术后新生儿可能需要在监护室观察一段时间，以确保生命体征稳定。可能会出现疼痛、呼吸困难、吞咽困难等不适症状。
4.囊肿性质不确定：手术前需要对囊肿进行详细的检查和评估，以确定囊肿的性质和范围。如果囊肿的性质不确定，手术的风险可能会增加。
5.术后复发：虽然手术可以切除囊肿，但仍有复发的可能。需要术后密切随访和观察，以便及时发现和处理复发情况。
需要注意的是，每个新生儿的情况都不同，手术风险也会因个体差异而有所不同。在决定是否进行手术之前，医生会对新生儿进行全面的评估，并与家长充分沟通手术的风险和收益。家长可以与医生详细讨论，了解手术的细节和注意事项，并根据医生的建议做出决策。
此外，对于新生儿喉咙上的囊肿，医生可能会根据具体情况采取其他治疗方法，如定期观察、药物治疗等。在治疗过程中，家长需要密切配合医生的治疗方案，并注意新生儿的护理和喂养，以促进其早日康复。如果对新生儿的健康有任何疑虑，建议及时咨询专业的儿科医生。