怀孕36周3天时肚子疼，可能是以下原因引起：
1.假性宫缩：怀孕36周3天，可能会出现假性宫缩，这是一种正常的生理现象。孕妇可能会感觉到肚子发紧、发硬，有时还会伴有轻微的疼痛，但持续时间较短，间隔时间较长。如果疼痛不剧烈，没有阴道流血等异常情况，一般不需要特殊处理，注意休息即可。
2.子宫增大：随着孕周的增加，子宫也会逐渐增大，可能会牵拉子宫周围的韧带，引起肚子疼。这种疼痛通常是轻微的，而且是双侧的，不会向其他部位放射。
3.胃肠道问题：如果孕妇在怀孕期间饮食不当，可能会引起胃肠道问题，如消化不良、胃炎、胃溃疡等，从而导致肚子疼。此外，孕妇如果患有肠道疾病，如肠炎、肠梗阻等，也可能会出现肚子疼的症状。
4.其他原因：孕妇如果患有其他疾病，如阑尾炎、胆囊炎、肾盂肾炎等，也可能会出现肚子疼的症状。此外，孕妇如果受到外力撞击、摔倒等，也可能会导致肚子疼。
需要注意的是，如果孕妇肚子疼的症状比较严重，或者伴有阴道流血、破水等异常情况，应及时就医，进行相关检查，以排除早产、胎盘早剥等危险情况。同时，孕妇在怀孕期间应注意休息，避免过度劳累，保持良好的心态，注意饮食卫生，避免食用不洁食物。