阴茎上长小水泡的原因有很多，常见的有以下几种：
1.生殖器疱疹：这是一种由单纯疱疹病毒（HSV）引起的性传播疾病。感染后，会在阴茎、龟头、冠状沟等部位出现水疱、溃疡等症状。生殖器疱疹具有传染性，主要通过性接触传播，也可通过接触感染者的衣物、毛巾等物品间接传播。
2.包皮龟头炎：如果存在包皮过长或包茎，平时不注意清洁，容易导致包皮龟头炎。炎症刺激可使龟头、包皮出现水疱、红斑、糜烂等症状。包皮龟头炎还可能伴有瘙痒、疼痛、异味等不适。
3.过敏：使用某些避孕套、润滑剂或对内裤材质过敏，可能导致阴茎过敏，出现水疱、瘙痒等症状。
4.其他原因：阴茎上长小水泡还可能与病毒感染、细菌感染、真菌感染等有关。此外，一些全身性疾病，如糖尿病、艾滋病等，也可能导致阴茎皮肤病变。
需要注意的是，阴茎上长小水泡可能是一种严重疾病的早期症状，也可能是一些良性病变。如果发现阴茎上有小水泡，应及时就医，进行相关检查，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意个人卫生，保持阴茎清洁，避免搔抓、摩擦，避免不洁性生活。