性激素六项检查最好在月经来潮后的第2-5天进行，且最好在早上9-10点空腹抽血检查。以下是具体原因：
1.检查基础性激素六项，最好选择在月经来潮后的第2-5天，这一段时间属于卵泡早期，可以反映卵巢的功能状态。但对于月经长期不来潮而且又急于了解检查结果者，则随时可以检查，这个时间就默认为月经前的时间，其结果也就参照黄体期的检查结果。
2.月经来潮第2-5天，此时不是黄体期，不会有孕激素干扰，可以准确反应卵巢的基础状态。而在月经来潮第5-7天，孕激素水平开始上升，此时LH（黄体生成素）和FSH（卵泡刺激素）可能会出现生理性升高，影响检测结果。
3.早上9-10点是激素分泌的高峰期，此时采血可以避免时间差异等因素对结果的影响。
4.检查性激素六项不需要空腹，但需要注意的是，在检查前应避免剧烈运动，保持心情放松。
此外，对于一些特殊情况，如怀疑有多囊卵巢综合征、闭经、长期不来月经等，医生可能会根据具体情况安排在其他时间进行检查。同时，在进行性激素六项检查前，应告知医生详细的病史和用药情况，以帮助医生做出更准确的诊断。