怀孕三个月内终止妊娠的方法主要有药流和人流，需根据末次月经时间、孕囊大小、个人体质等因素来选择，以下是具体分析：
1.药流：指通过药物而非手术的方式终止妊娠。适用于停经49天内的孕妇，且孕囊直径应小于2-3厘米。药流的成功率一般在90%左右，若药流不净，还需进行清宫手术，对身体造成的伤害较大。药流后需注意观察阴道出血情况，一般会持续7-14天，若出血量多于月经量或出血时间过长，需及时就医。药流后需注意休息，加强营养，避免劳累和着凉。
2.人流：指通过手术的方式终止妊娠。包括负压吸引术和钳刮术。负压吸引术适用于停经10周内的孕妇，钳刮术适用于停经11-14周内的孕妇。人流的成功率较高，但对身体的伤害也较大，可能会引起子宫内膜损伤、感染、出血等并发症。人流后需注意休息，加强营养，避免劳累和着凉。同时，需注意个人卫生，保持外阴清洁，术后一个月内禁止盆浴和性生活。
需要注意的是，药流和人流都有一定的风险和并发症，因此在选择终止妊娠的方法时，需慎重考虑，并在医生的指导下进行。此外，无论选择药流还是人流，都需在正规医院进行，并严格遵守医生的嘱咐。