子宫切除三个月后复查发现左侧附件有小囊，可能是以下原因引起：
1.生理性囊肿：可能是由于卵巢周期性排卵导致的，通常会在月经干净后自行消失，一般不需要特殊处理，可遵医嘱定期复查。
2.子宫内膜异位症：如果存在子宫内膜异位症，可能会在左侧附件形成巧克力囊肿，可伴有痛经、性交痛等症状。较小的囊肿可遵医嘱使用药物治疗，如孕三烯酮、达那唑等；囊肿较大或症状明显时，可能需要手术治疗。
3.卵巢肿瘤：左侧附件小囊也可能是卵巢肿瘤，如畸胎瘤、黏液性囊腺瘤等。肿瘤较小且无明显症状时，可定期复查；如果肿瘤较大或有恶变倾向，可能需要手术治疗，术后可能还需要进行化疗、放疗等辅助治疗。
此外，还可能有其他原因导致左侧附件小囊。建议及时就医，医生会根据患者的具体情况进行详细的检查和评估，并制定相应的治疗方案。在治疗期间，患者应注意休息，保持良好的生活习惯，遵医嘱按时服药或进行治疗，并定期复查，以便及时了解病情变化。