引起新生儿呕吐咖啡色分泌物的原因有很多，常见的有以下几种：
1.咽下综合征：新生儿在分娩过程中咽下较多含有母血的羊水、黏液或血液，刺激胃黏膜引起呕吐，呕吐物为咖啡色分泌物。一般在生后12小时内出现，呕吐物为黏液血性物质，洗胃后症状可缓解。
2.应激性溃疡：新生儿在出生后1~2天内出现呕吐，呕吐物为咖啡色或血性分泌物，常伴有腹胀、胃潴留、肠鸣音减弱等症状。多与窒息、缺氧、感染等因素有关。
3.新生儿出血症：维生素K缺乏可导致新生儿出血症，常表现为皮肤瘀斑、鼻出血、呕血、便血等症状。
4.其他：新生儿颅内出血、食管闭锁、胃扭转等疾病也可导致呕吐咖啡色分泌物。
如果发现新生儿呕吐咖啡色分泌物，家长应及时带孩子到医院就诊，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。在治疗过程中，家长应注意观察孩子的病情变化，如出现精神萎靡、拒食、呕吐频繁等症状，应及时告知医生。同时，要保持孩子的口腔清洁，避免呕吐物吸入气管引起窒息。