引起新生儿吐褐色分泌物的原因较多，具体如下：
1.咽下综合征：新生儿在生产过程中可能会咽下母亲产道内的血液、黏液或其他物质，这些物质会刺激胃黏膜，导致呕吐，呕吐物可呈褐色。一般情况下，呕吐物为咖啡色黏液，持续1~2天后会自然消失。
2.应激性溃疡：如果新生儿出生时存在难产、窒息、产伤等情况，可能会导致应激性溃疡，从而引起呕吐，呕吐物可呈咖啡色或血性。
3.新生儿出血症：这是一种由于维生素K缺乏导致的出血性疾病，主要表现为皮肤瘀斑、鼻出血、呕血、便血等。如果新生儿出生后没有及时补充维生素K，或者母亲患有某些疾病导致新生儿体内维生素K缺乏，就可能会引起这种疾病。
4.其他：如果新生儿患有食管闭锁、胃食管反流、胃扭转、先天性肥厚性幽门狭窄等疾病，也可能会出现呕吐褐色分泌物的情况。
如果发现新生儿吐褐色分泌物，建议及时就医，医生会根据新生儿的具体情况进行相关检查，以明确病因，并采取相应的治疗措施。