新生儿呕吐物中带有咖啡色分泌物可能是由以下原因引起的：
1.上消化道出血：新生儿的胃和食管连接处贲门括约肌发育不完善，容易发生呕吐，当呕吐物刺激贲门和食管黏膜时，可能会导致黏膜损伤，引起出血，血液在胃酸的作用下会变成咖啡色。
2.应激性溃疡：新生儿在出生过程中可能会经历缺氧、酸中毒等应激情况，这些情况可能会导致胃黏膜缺血、缺氧，从而引起应激性溃疡，导致呕吐物中带有咖啡色分泌物。
3.其他：新生儿患有食管炎、胃炎、胃溃疡等疾病时，也可能会出现呕吐物中带有咖啡色分泌物的情况。
如果发现新生儿呕吐物中带有咖啡色分泌物，家长应立即带孩子就医，进行相关检查，如血常规、胃镜等，以明确病因，并在医生的指导下进行治疗。同时，家长要注意观察孩子的精神状态、呼吸情况等，如有异常应及时告知医生。
在治疗过程中，医生可能会根据孩子的具体情况给予以下药物治疗：
1.抑酸药：如奥美拉唑、兰索拉唑等，可以抑制胃酸分泌，减少胃酸对胃黏膜的刺激，从而促进溃疡愈合。
2.胃黏膜保护剂：如硫糖铝、枸橼酸铋钾等，可以在胃黏膜表面形成一层保护膜，减少胃酸和胃蛋白酶对胃黏膜的损伤。
3.抗生素：如果孩子的呕吐物中带有咖啡色分泌物是由于细菌感染引起的，医生可能会给予抗生素进行治疗。
需要注意的是，以上药物的使用需要在医生的指导下进行，家长不能自行给孩子用药。同时，在孩子治疗期间，家长要注意孩子的饮食，避免给孩子喂食过多、过急，以免加重孩子的呕吐症状。