引起新生儿吐咖啡色分泌物的原因有以下几点：
1.咽下综合征：新生儿在分娩过程中或出生后，可能会咽下母亲产道中的血液、黏液或羊水，这些物质在胃内与胃酸混合后，会导致呕吐物呈现咖啡色。这种情况通常不需要特殊处理，会在出生后1~2天内自行缓解。
2.应激性溃疡：新生儿出生后，由于缺氧、感染、低血糖等因素，可能会导致胃酸分泌过多，胃黏膜缺血、缺氧，从而引起应激性溃疡，导致呕吐物呈现咖啡色。这种情况通常需要使用抑制胃酸分泌的药物，如奥美拉唑、兰索拉唑等，同时需要积极治疗原发病。
3.新生儿出血症：这是一种由于维生素K缺乏导致的凝血功能障碍性疾病，常见于出生后3天内的新生儿。患儿可能会出现皮肤瘀斑、鼻出血、呕血、便血等症状，呕吐物也可能呈现咖啡色。这种情况需要及时补充维生素K，并进行止血治疗。
4.其他：新生儿患有食管闭锁、胃扭转、先天性肥厚性幽门狭窄等疾病时，也可能会出现呕吐咖啡色分泌物的症状。
总之，如果新生儿出现呕吐咖啡色分泌物的症状，家长应该及时带孩子到医院就诊，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。