剖腹产新生儿出生三天出现吐褐色分泌物，可能是以下原因导致：
1.咽下综合征：胎儿在母体内时可能吞咽了较多的羊水、黏液或血液，这些物质在出生后会刺激胃黏膜，引起呕吐，呕吐物可呈褐色。
2.应激性溃疡：剖腹产时，新生儿可能会经历一些应激反应，如缺氧、酸中毒等，这些因素可能导致胃黏膜缺血、糜烂，甚至溃疡，从而引起呕吐，呕吐物为褐色。
3.新生儿出血症：维生素K缺乏时，新生儿可能会出现凝血功能障碍，导致胃肠道出血，从而引起呕吐，呕吐物为褐色。
4.其他：新生儿患有先天性心脏病、食管闭锁、胃扭转等疾病时，也可能出现呕吐褐色分泌物的情况。
如果发现剖腹产新生儿出生三天出现吐褐色分泌物，建议及时就医，医生会根据新生儿的具体情况进行检查和诊断，并制定相应的治疗方案。一般情况下，医生会采取以下措施：
1.禁食：让新生儿暂时禁食一段时间，以减轻胃肠道负担。
2.补液：通过静脉输注补液，维持新生儿的水、电解质平衡。
3.止血：如果是应激性溃疡或其他原因引起的出血，医生可能会使用止血药物进行治疗。
4.其他治疗：根据具体情况，医生可能会采取其他治疗措施，如抗感染、纠正酸中毒等。
需要注意的是，每个新生儿的情况都不同，治疗方案也会因人而异。家长应密切配合医生的治疗，同时注意观察新生儿的情况，如呼吸、心率、精神状态等，如有异常应及时告知医生。