三个月婴儿吐咖啡色分泌物和吐奶瓣可能由以下原因引起：
1.生理性原因：
婴儿胃容量较小，且呈水平位，贲门口相对较松，容易出现溢奶。如果吐出的奶瓣为豆腐渣样，为奶与胃酸作用后的凝块，常为进食过量或胃内消化不全导致。
2.病理性原因：
消化道出血：可能是上消化道出血，也可能是下消化道出血。上消化道出血时，血液经胃酸作用后变成咖啡色，下消化道出血量较少时也可表现为咖啡色呕吐物。
感染：各种感染，如呼吸道感染、胃肠道感染等，都可能导致婴儿吐奶。
其他：如果婴儿有食管闭锁、胃扭转、肥厚性幽门狭窄等先天性疾病，也可能出现吐奶。
如果发现三个月婴儿吐咖啡色分泌物和吐奶瓣，需要采取以下措施：
1.观察婴儿的情况：注意观察婴儿的精神状态、呼吸、体温等，以及呕吐的频率、颜色、量等。
2.及时就医：如果婴儿出现精神萎靡、呼吸急促、发热等异常症状，或者呕吐持续不缓解，应及时就医。
3.就医检查：医生可能会进行一些检查，如血常规、大便常规、腹部超声等，以明确呕吐的原因。
4.治疗方法：根据病因，医生会采取相应的治疗方法。如果是生理性原因，一般不需要特殊处理；如果是病理性原因，可能需要药物治疗、手术治疗等。
需要注意的是，婴儿的情况可能会迅速变化，如果对婴儿的健康有任何疑虑，最好及时咨询医生的意见。同时，在就医过程中，要如实告知医生婴儿的情况，以便医生做出准确的诊断和治疗。