早上醒来后小便特别疼，可能是以下原因导致的：
1.尿道炎：尿道炎是一种常见的泌尿系统感染，主要由细菌感染引起。除了小便疼痛外，还可能伴有尿频、尿急、尿道口红肿等症状。治疗尿道炎通常采用抗生素治疗，如左氧氟沙星、阿莫西林等。同时，患者应注意多饮水，促进排尿，有助于缓解症状。
2.膀胱炎：膀胱炎是膀胱的炎症，也会导致小便疼痛。此外，还可能出现尿频、尿急、下腹部疼痛等症状。治疗膀胱炎主要采用抗生素治疗，如头孢呋辛酯、磺胺嘧啶等。此外，患者还需注意休息，保持会阴部清洁。
3.前列腺炎：前列腺炎是男性常见的疾病，也可能导致小便疼痛。除了小便疼痛外，还可能伴有尿频、尿急、尿不尽、会阴部疼痛等症状。治疗前列腺炎需要综合治疗，包括抗生素治疗、物理治疗、中药治疗等。此外，患者还需注意避免久坐、饮酒、辛辣食物等。
4.泌尿系统结石：泌尿系统结石也可能导致小便疼痛，尤其是结石移动时。除了小便疼痛外，还可能伴有血尿、排尿困难等症状。治疗泌尿系统结石的方法包括药物治疗、体外冲击波碎石、手术治疗等，具体治疗方法需要根据结石的大小、位置等因素来决定。
5.其他原因：除了上述原因外，其他原因如尿道口炎、外阴炎、阴道炎等也可能导致小便疼痛。
总之，早上醒来后小便特别疼可能是多种原因引起的，需要及时就医，明确诊断，采取相应的治疗措施。同时，患者应注意多饮水，保持会阴部清洁，避免久坐、饮酒、辛辣食物等。