早上起来小便疼痛可能与以下因素有关：
1.尿路感染：如尿道炎、膀胱炎等，炎症刺激可导致小便疼痛。还可能伴有尿频、尿急、尿不尽等症状。可遵医嘱使用抗生素进行治疗，如头孢呋辛酯、左氧氟沙星等。
2.前列腺炎：男性患者常见，可出现尿频、尿急、尿痛，晨起尿道口可有黏液等分泌物，还可能伴有会阴部、耻骨上区疼痛，性功能障碍等。治疗方法包括药物治疗（如前列舒通胶囊、盐酸坦索罗辛缓释胶囊等）、物理治疗（如微波、射频等）和手术治疗（如前列腺电切术等）。
3.泌尿系统结石：如肾结石、输尿管结石等，可导致小便疼痛，还可能伴有血尿、恶心、呕吐等症状。较小的结石可通过多喝水、多运动等方式自行排出，较大的结石则需要进行体外冲击波碎石或手术治疗。
4.其他：尿道口息肉、尿道口囊肿、膀胱癌等也可能导致小便疼痛。
如果出现小便疼痛的症状，建议及时就医，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意个人卫生，多喝水，勤排尿，避免憋尿。饮食上要避免食用辛辣、刺激性食物。