HPV16阳性的最佳治疗方法是综合治疗，包括物理治疗、药物治疗、免疫治疗等，具体如下：
1.物理治疗：
冷冻治疗：利用低温作用于病变组织，使其坏死、脱落。
激光治疗：通过激光的高温作用，碳化、气化病变组织。
电灼治疗：利用高频电流产生的热效应，使病变组织凝固、坏死。
微波治疗：通过微波的高频振动，使病变组织受热凝固、坏死。
2.药物治疗：
外用药物：包括抗病毒药物、免疫调节剂等，如干扰素、咪喹莫特等。
口服药物：对于病情严重或局部治疗效果不佳者，可口服抗病毒药物或免疫调节剂。
3.免疫治疗：
免疫调节剂：如卡介菌多糖核酸、胸腺肽等，可增强机体免疫力，促进病毒清除。
免疫疗法：如HPV疫苗接种，可预防HPV感染，降低HPV16阳性的发生率。
此外，治疗HPV16阳性还需要注意以下几点：
1.定期复查：治疗后需要定期复查，了解病情变化，及时调整治疗方案。
2.注意个人卫生：保持外阴清洁，勤换内裤，避免不洁性生活。
3.加强锻炼：提高机体免疫力，有助于病情恢复。
4.饮食调理：多吃蔬菜水果，避免辛辣刺激性食物。
需要注意的是，HPV16阳性的治疗方法应根据患者的具体情况选择，如年龄、病情、免疫状态等。在治疗过程中，患者应积极配合医生的治疗，同时注意个人卫生和生活习惯，以提高治疗效果。