在进行试管移植冻胚后，第三天晚上肚子一直不舒服，可能是以下原因引起：
1.正常反应：在胚胎移植后，女性体内的激素水平会发生变化，这可能导致腹部不适或轻微疼痛。此外，子宫也会开始扩张，以适应胚胎的着床，这也可能引起肚子不舒服的感觉。这些都是正常的生理反应，通常不需要特殊处理，会在一段时间后自行缓解。
2.药物副作用：在进行试管移植过程中，患者可能会使用一些药物，如黄体酮等，这些药物可能会引起腹部不适、乳房胀痛等副作用。如果症状不严重，可以先观察，如果症状持续或加重，应及时告知医生。
3.其他因素：如果患者在移植后过度劳累、精神紧张、饮食不当等，也可能引起肚子不舒服的症状。
需要注意的是，如果肚子不舒服的症状较为严重，或伴有阴道出血、剧烈腹痛等异常情况，应立即就医，以排除其他潜在的问题。同时，患者在移植后应注意休息，避免过度劳累，保持心情舒畅，饮食上应注意清淡、易消化，避免食用辛辣、刺激性食物。
总之，试管移植冻胚第三天晚上肚子一直不舒服可能是正常的生理反应，也可能是其他问题引起的。患者应注意观察症状的变化，如果症状持续或加重，应及时就医，以便及时处理。