孕晚期可以通过以下几种方法查询胎儿是否存在畸形：
1.B超检查：B超检查是孕晚期常用的检查方法之一，可以观察胎儿的各个器官和结构，包括心脏、肾脏、肝脏、脑部等，以发现是否存在畸形。一般在孕20-24周进行系统B超检查，孕32-34周进行小排畸检查。
2.四维彩超：四维彩超是一种更加先进的超声检查技术，可以实时观察胎儿的动态图像，更加清晰地显示胎儿的面部、四肢、心脏等器官和结构，对于发现胎儿畸形具有重要意义。
3.胎儿磁共振成像（MRI）：MRI对软组织的分辨力较高，可以提供胎儿的更多信息，对于一些B超难以诊断的畸形，如中枢神经系统畸形、骨骼系统畸形等，具有一定的诊断价值。
4.血清学筛查：通过抽取孕妇的血液，检测血清中的某些标志物，如甲胎蛋白（AFP）、人绒毛膜促性腺激素（β-HCG）等，结合孕妇的年龄、孕周等因素，评估胎儿患神经管缺陷、唐氏综合征等畸形的风险。
5.其他检查：如羊水穿刺、脐静脉穿刺等，用于进一步确诊胎儿是否存在畸形。
需要注意的是，以上检查方法都有其局限性，不能完全排除所有的胎儿畸形。此外，胎儿畸形的诊断需要专业的医生进行综合判断，需要结合孕妇的病史、临床表现、检查结果等进行分析。如果孕妇在孕期有任何异常情况，应及时就医，进行详细的产前检查和咨询。