大黄庶虫胶囊和大黄庶虫丸的区别在于以下几个方面：
1.剂型不同：大黄庶虫胶囊是胶囊剂，内容物为棕色至棕褐色的粉末；大黄庶虫丸是黑色的大蜜丸，气浓，味甘、微苦。
2.成分不同：大黄庶虫胶囊的主要成分是熟大黄、土鳖虫（炒）、水蛭（制）、虻虫（去翅足，炒）、蛴螬（炒）、干漆（煅）、桃仁、苦杏仁（炒）、黄芩、地黄、白芍、甘草。大黄庶虫丸的主要成分是熟大黄、土鳖虫（炒）、水蛭（制）、虻虫（去翅足，炒）、蛴螬（炒）、干漆（煅）、桃仁、苦杏仁（炒）、黄芩、地黄、白芍、甘草、凌霄花、牡丹皮、三棱、莪术、水蛭、廑虫、鳖甲胶等。
3.功效不同：大黄庶虫胶囊具有活血破瘀，通经消痞的功效。用于瘀血内停，腹部肿块，肌肤甲错，目眶黯黑，潮热羸瘦，经闭不行。大黄庶虫丸具有活血破瘀，通经消痞的功效。用于瘀血内停，腹部肿块，肌肤甲错，目眶黯黑，潮热羸瘦，经闭不行。
4.适用病症不同：大黄庶虫胶囊适用于瘀血内停，腹部肿块，肌肤甲错，目眶黯黑，潮热羸瘦，经闭不行等病症。大黄庶虫丸适用于瘀血内停，腹部肿块，肌肤甲错，目眶黯黑，潮热羸瘦，经闭不行等病症。
5.用法用量不同：大黄庶虫胶囊的用法用量是口服，一次4粒，一日2次。大黄庶虫丸的用法用量是口服，一次1～2丸，一日1～2次。
6.不良反应不同：大黄庶虫胶囊和大黄庶虫丸的不良反应尚不明确。
7.注意事项不同：大黄庶虫胶囊和大黄庶虫丸的注意事项尚不明确。
需要注意的是，孕妇禁用大黄庶虫胶囊和大黄庶虫丸。在使用这两种药物时，应在医生的指导下按照剂量服用，不要自行增减剂量。