生理期第5天同房后腰和小腹隐隐作痛，可能与以下因素有关。
1.生理期未结束：生理期时，女性子宫内膜脱落，子宫颈口张开，此时同房可能会将细菌带入子宫，引起感染，导致盆腔炎，出现腹痛、腰痛等症状。
2.子宫收缩：同房时，性兴奋可能会引起子宫收缩，导致经血逆流，从而引起腰部和腹部疼痛。
3.前列腺素分泌增加：前列腺素不仅存在于男性前列腺中，也存在于女性的子宫内膜及精液中。在女性生理期时，由于孕激素水平下降，雌激素水平升高，可能会导致前列腺素分泌增加，引起子宫收缩，导致腹痛、腰痛等症状。
4.心理因素：部分女性在生理期时可能会出现焦虑、紧张等情绪，同房时可能会因为心理因素而出现腹痛、腰痛等症状。
如果出现这种情况，可以采取以下措施。
1.休息：立即停止同房，卧床休息，避免过度劳累。
2.保暖：用热水袋或热毛巾敷在腰部和腹部，缓解疼痛。
3.饮食调理：多喝热水，避免食用辛辣、生冷等刺激性食物。
4.观察症状：如果疼痛持续不缓解或伴有发热、阴道出血等异常症状，应及时就医，进行相关检查，如B超、血常规等，以明确病因，并进行针对性治疗。
需要注意的是，女性在生理期时应避免同房，以免引起感染、月经失调等问题。同时，应注意个人卫生，保持外阴清洁，勤换内裤。如果出现异常症状，应及时就医，以免延误病情。