宝宝剪指甲起层可能是以下原因导致的：
1.营养不良：宝宝指甲起层可能是营养不良引起的，尤其是缺乏维生素A、E、B族等，会导致指甲变薄、变脆，容易起层。此外，缺铁、缺锌等微量元素也可能导致指甲异常。
2.真菌感染：如果宝宝经常接触有真菌感染的物品，如毛巾、拖鞋、浴池等，可能会感染灰指甲，导致指甲起层、变色、增厚等。
3.外力损伤：宝宝的指甲比较薄嫩，容易受到外力损伤，如挤压、碰撞等，可能会导致指甲起层。
4.疾病因素：某些疾病也可能导致宝宝指甲起层，如手足口病、扁平苔藓等。
如果宝宝出现指甲起层的情况，建议及时就医，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意保持宝宝指甲的清洁卫生，避免接触有真菌感染的物品，避免宝宝咬指甲等。