怀孕一个月内裤有褐色分泌物且两侧隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕一个月时，胚胎着床还不稳定，剧烈运动、性生活、过度劳累等可能导致先兆流产，出现阴道少量流血、下腹部疼痛等症状。需要及时就医，进行孕酮、人绒毛膜促性腺激素（β-HCG）等检查，并在医生的指导下进行保胎治疗。同时，要注意休息，避免性生活，保持心情愉快。
2.异位妊娠：受精卵在子宫体腔以外的部位着床发育，称为异位妊娠，以输卵管妊娠最常见。异位妊娠时，由于胚胎着床位置异常，可能会导致阴道流血、下腹部疼痛等症状。如果不及时治疗，可能会引起大出血，甚至危及生命。因此，一旦出现上述症状，应及时就医，进行B超检查，以明确诊断。如果确诊为异位妊娠，应尽早进行治疗，可选择药物治疗或手术治疗。
3.宫颈息肉：宫颈息肉是宫颈管黏膜局部增生，形成的赘生物，颜色鲜红、质脆、易出血。怀孕后，由于激素水平的变化，宫颈息肉可能会增大，导致阴道少量流血。此外，宫颈息肉还可能引起白带增多、腰骶部疼痛等症状。如果息肉较小，一般不需要治疗，定期复查即可。如果息肉较大，或引起明显的症状，可在医生的指导下进行手术治疗。
4.其他：阴道炎、宫颈炎、子宫肌瘤等也可能导致怀孕一个月内裤有褐色分泌物且两侧隐隐作痛。
总之，怀孕一个月内裤有褐色分泌物且两侧隐隐作痛，可能是正常的生理现象，也可能是异常情况引起。建议及时就医，进行相关检查，以明确诊断，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持心情愉快，加强营养，按时产检。