男性感染HPV16后多久可以清除病毒，取决于多种因素，以下是一些可能影响清除时间的因素：
1.免疫状态：男性的免疫系统在清除HPV感染中起着重要作用。一般来说，免疫系统健康的男性更有可能清除病毒。如果男性的免疫系统正常，感染HPV16后可能在几个月到一年内自行清除病毒。然而，如果免疫系统存在问题，如免疫缺陷或接受免疫抑制治疗，病毒可能更难以清除。
2.个体差异：不同男性对HPV感染的反应可能有所不同。某些男性可能更容易清除病毒，而对于其他男性，病毒可能持续存在。个人的遗传因素、生活方式、健康状况等也可能影响病毒的清除时间。
3.治疗方法：在某些情况下，医生可能会建议采取治疗措施来帮助清除HPV感染。这些治疗方法包括外用药物、免疫调节剂或其他治疗方法。治疗的效果和时间因个体和治疗方法而异。
4.定期复查：定期进行HPV和细胞学检查对于监测感染的情况非常重要。医生可以根据复查结果评估病毒的清除情况，并提供相应的建议和治疗指导。
需要注意的是，HPV16感染可能不会引起任何症状，而且大多数HPV感染会在一段时间内自行清除。然而，HPV16是一种高危型HPV，与某些癌症的发生有关，如宫颈癌。因此，即使感染了HPV16，也应该密切关注身体的变化，并遵循医生的建议进行定期检查和随访。
如果男性感染了HPV16，建议及时就医，医生会根据具体情况进行评估，并提供个性化的建议和治疗方案。此外，保持健康的生活方式，如均衡饮食、适量运动、减少吸烟和饮酒等，有助于提高免疫系统的功能，促进病毒的清除。如果对HPV感染或相关问题有进一步的疑问，应咨询专业的医生或医疗机构。