40天的婴儿消化不良，治疗方法主要包括以下几个方面：
1.调整饮食：对于母乳喂养的宝宝，妈妈应注意饮食清淡，避免食用油腻、刺激性食物；对于人工喂养的宝宝，可以适当减少奶量或稀释奶液，同时注意给宝宝补充水分。
2.腹部按摩：以宝宝的肚脐为中心，顺时针方向轻轻按摩宝宝的腹部，促进肠道蠕动，帮助消化。
3.服用益生菌：益生菌可以调节肠道菌群，改善消化不良症状。可以在医生的指导下，给宝宝服用适量的益生菌。
4.药物治疗：如果宝宝消化不良的症状较为严重，可以在医生的指导下，使用一些药物进行治疗，如胃蛋白酶、双歧杆菌四联活菌片等。
需要注意的是，在给宝宝治疗消化不良时，应遵循医生的建议，按照剂量和使用方法正确用药。同时，要密切观察宝宝的病情变化，如有异常应及时就医。