牛黄熊去氧胆酸胶囊与熊去氧胆酸胶囊的主要区别在于成分和适应证的不同。
熊去氧胆酸胶囊的主要成分是熊去氧胆酸，可增加胆汁酸的分泌，同时抑制肝脏胆固醇的合成，并降低胆汁中胆固醇及胆固醇酯的量，从而有利于胆结石中的胆固醇逐渐溶解。适用于固醇性胆囊结石-必须是X射线能穿透的结石，同时胆囊收缩功能须正常；胆汁淤积性肝病（如：原发性胆汁性肝硬化）；胆汁反流性胃炎。
牛黄熊去氧胆酸胶囊是在熊去氧胆酸的基础上添加了人工牛黄，因此除了具有熊去氧胆酸的作用外，还有清热解毒、疏肝利胆的功效，适用于肝郁气滞所致的胁痛、胃脘疼痛、嘈杂、嗳气、吞酸；胆囊炎、胆石症见上述证候者。
此外，需要注意的是，这两种药物都可能引起一些不良反应，如胃肠道不适、头痛、过敏等。在使用时，应严格按照医生的建议服用，避免自行增减剂量。同时，对该药物过敏者禁用，过敏体质者慎用。如果在用药过程中出现不适，应及时就医。