根据文章主题，睡一觉起来耳朵里面疼还流脓了，可能是以下原因：
1.急性中耳炎：由于耳部结构较为复杂，连接鼻咽部。当发生上呼吸道感染时，病原体可能通过咽鼓管侵犯中耳，引发炎症。常见症状包括耳部疼痛、听力下降、耳鸣、耳内流脓等。患者可在医生的指导下使用氧氟沙星滴耳液、盐酸洛美沙星滴耳液等药物进行治疗。
2.外耳道疖：外耳道皮肤毛囊或皮脂腺被细菌感染后形成的局限性化脓性炎症，会导致外耳道肿胀、疼痛，疖肿成熟破溃后，会有脓血排出。患者可遵医嘱使用鱼石脂甘油纱条或抗生素软膏进行治疗。
3.大疱性鼓膜炎：由病毒感染引起，常见于儿童和青年人。主要表现为耳部剧烈疼痛、听力下降，鼓膜上可出现水疱，疱破后会有血水或脓液流出。治疗上主要以抗病毒药物为主，如利巴韦林、阿昔洛韦等。
此外，耳部外伤、外耳道炎等疾病也可能导致类似症状。如果症状持续不缓解或加重，建议及时就医，明确诊断后进行针对性治疗。同时，要注意保持耳部清洁，避免进水和挖耳，避免用力擤鼻。