宝宝高烧39度多一晚上，第二天退烧后一般不会对内脏造成损害，但可能会对身体造成一些影响，具体如下：
1.脱水：高烧会导致宝宝体内水分流失，尤其是在高烧持续的一晚上，宝宝可能会出现脱水的情况。脱水会影响宝宝的身体机能，导致皮肤干燥、口渴、尿量减少等症状。
2.电解质紊乱：高烧会导致宝宝体内的电解质失衡，尤其是在大量出汗的情况下，宝宝可能会出现低钾、低钠等电解质紊乱的情况。电解质紊乱会影响宝宝的心脏、肌肉等器官的正常功能。
3.热性惊厥：如果宝宝的体温过高，可能会导致热性惊厥。热性惊厥是一种神经系统的反应，通常发生在高烧的初期，表现为突然的抽搐、意识丧失等症状。但这种情况通常是暂时的，不会对宝宝的内脏造成永久性的损害。
需要注意的是，如果宝宝的高烧持续时间较长，或者出现了其他异常症状，如呼吸急促、心跳加快、精神萎靡等，家长应该及时带宝宝就医，以便及时诊断和治疗。此外，在宝宝高烧期间，家长应该注意给宝宝补充水分和营养，保持宝宝的身体清洁和舒适，避免宝宝着凉和受热。同时，家长也应该密切观察宝宝的病情变化，如有异常应及时就医。