怀孕四十天流血且颜色发黑，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕早期胚胎着床不稳定，过度劳累、剧烈运动、性生活、孕酮水平低等因素可能导致先兆流产，出现阴道少量出血，血液在子宫内停留时间较长时会呈现黑色。
2.宫外孕：受精卵在子宫体腔以外着床称为宫外孕，宫外孕时随着孕囊的生长，会导致输卵管破裂，引起阴道出血，颜色也可为黑色。
3.葡萄胎：葡萄胎是一种良性妊娠滋养细胞疾病，因妊娠后胎盘绒毛滋养细胞增生、间质水肿，而形成大小不一的水泡，水泡间借蒂相连成串，形如葡萄而得名。多发生于生育期妇女，停经后阴道流血为典型症状，多为暗红色或黑色水样物。
4.其他：还可能与宫颈息肉、子宫颈癌等疾病有关。
出现这种情况，孕妇需要及时就医，进行超声检查、血HCG和孕酮测定等，以明确诊断，并采取相应的治疗措施。如果是先兆流产，需要卧床休息，使用黄体酮、地屈孕酮等保胎药物；如果是宫外孕，需要根据具体情况选择手术治疗或药物保守治疗；如果是葡萄胎，需要及时清宫，并定期复查。
此外，在孕早期，孕妇应注意休息，避免劳累和剧烈运动，避免性生活，保持心情愉快，同时要注意个人卫生，勤换内裤，保持外阴清洁。如果出现阴道流血、腹痛等异常情况，应及时就医。