半夜肚子肚脐眼位置疼可能由多种原因引起，以下是一些常见的原因和建议：
1.腹部受凉：肚脐眼是腹部最薄弱的地方，容易受寒。晚上睡觉时，如果腹部没有盖好被子，或者吹了冷风，可能会导致腹部受凉，引起肚脐眼周围疼痛。建议用热水袋或热毛巾敷在疼痛部位，同时注意腹部保暖。
2.饮食不当：如果在晚上吃了过多的辛辣、油腻、刺激性食物，或者暴饮暴食、过度饮酒等，可能会导致消化不良，引起肚脐眼周围疼痛。建议调整饮食，避免食用刺激性食物，同时注意饮食规律。
3.肠道寄生虫感染：如果平时不注意卫生，可能会感染肠道寄生虫，如蛔虫、蛲虫等。寄生虫在肠道内活动，会刺激肠道，引起肚脐眼周围疼痛。建议及时就医，在医生的指导下服用驱虫药。
4.肠痉挛：肠痉挛是一种常见的肠道疾病，多由肠道功能紊乱引起。晚上睡觉时，肠道平滑肌容易发生痉挛，引起肚脐眼周围疼痛。建议用手轻轻按摩疼痛部位，或者做一些深呼吸运动，缓解肠痉挛。
5.其他：肚脐眼周围疼痛还可能与其他疾病有关，如肠梗阻、阑尾炎、腹膜炎等。如果疼痛持续时间较长或者伴有其他症状，如恶心、呕吐、发热等，建议及时就医，进行相关检查和治疗。
总之，半夜肚子肚脐眼位置疼可能是由多种原因引起的，如果疼痛持续时间较长或者伴有其他症状，建议及时就医，明确诊断，以便进行针对性治疗。